發展方向與重點
海下科技所涵蓋之範圍極為廣泛，為因應國內現有單位所從事之相關研究及社會需要，以及本院整理科技發展之方向，人力、物力及空間之配合等因素，本研究所未來發展方向如下：
水聲探測系統
基礎研究：水中聲學包括：聲波於海洋環境中傳遞之基本原理、波傳理論、海床聲學、環境噪音等；訊號影像處理、水中通訊、水中語音系統。
應用研究：包括水中聲源定位與追蹤技術、海底地形、地層與地質遙測技術、水團聲波斷層掃瞄術、軍事應用技術。
水下機電系統
基礎研究：載具運動力學、運動模擬與運動控制、載具定位與導航、聲納系統、水下感應器(包括光、電系統)等。
應用研究：無人遙控載具與自主式水下載具設計、深海水密技術、聲學控制系統、深海監測系統開發等。
本所就業市場
本所主要特色是希望藉由「水中聲學」與「水下機電」的整合發展出水下儀器設備如載具、定位系統、深海採樣系統、探測聲納等，將之應用於水下測量、水下搜救、海洋工程施工定位、環境調查與評估等。期能與相關政府單位與產業界互相結合，達到產官學合作之目標，為畢業學生開拓就業的出路。
就業市場狀況
本所歷年畢業生目前就業狀況包括：教職、深造進修、服兵役、公職或國營企業人員、研究單位、與所相關行業（例如：高科技產業、電子資訊業等）…等。畢業校友中，除擔任教職、公職者有21%外，在研究機構及高科技產業界及與所學相關之企業機構服務任職者更有半數之多。本所畢業生目前已取得博士學位者有5人，正深造進修者有10人，足見升學管道十分暢通。
本所在畢業生現況調查中，認為目前工作與就讀科系具有高度相關性以上的校友亦佔了55%，可見畢業校友於就讀本所時即接受及具備了專業知能之訓練；對照工作滿意度之調查，認為滿意及非常滿意目前工作者佔了83%，而認為研究所之教育對其工作相當有助益者亦佔了83%，可見本所之教育培養了學生適切之技能。
本所畢業生從事其他與所學相關行業比例相當高，此現象一方面顯示本所基本訓練紮實，可以提供國家經濟發展所急需的高科技人才，然而另一方面也反映國內海洋相關產業並不發達，薪資福利難以和許多當紅的高科技產業競爭，許多學生轉而尋求在海洋以外的產業求職。
本所的教育目標為培育獨立思考與解決問題能力兼備，溝通表達及執行能力俱佳的人才，培養的畢業生即使在海洋以外的產業表現也相當傑出。王兆璋教授與陳信宏教授以前指導的畢業生目前即負責建立奇美公司一條耗資上億的生產線，奇美公司的主管更因該畢業生之基礎訓練扎實，私下探詢延攬本所畢業學生；可見本所畢業生在校所學對畢業後就業幫助甚大。
國家實驗研究院於2008成立「台灣海洋科技研究中心」，需要有許多工程師參與研發，是本所畢業生很好的就業去處。目前有約五名畢業生在該中心服務。
目前本所積極與民間業者合作開發海洋儀器設備，因此這些公司也具體提出對本所所培養的碩士畢業生的需求，預估接下來的七、八年內每年都有四到五人的需求。再加上目前有好幾個國家型能源計畫的推動(如洋流發電、離岸風力發電、甲烷水合物探採等)，都對水下科技人才有很大的需求。